Blogel-SPINAL:分布式PPI网络比对算法

摘要：

高通量技术的发展使蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的规模日益增大,需要高速算法对其进行全局比对.为此,分析集中式全局比对算法SPINAL,将该算法中耗时超过95％的计算估计值阶段移植到分布式平台Blogel下运算,求比对图阶段则仍保持集中式运算,以此得到Blogel-SPINAL算法.理论分析和实验结果表明,与SPINAL相比,Blogel-SPINAL能提升比对速度,具有较好的扩展性.

关键词：分布式计算、蛋白质-蛋白质相互作用网络、全局网络比对、积图、顶点划分、可扩展性

所属期刊栏目：42

分类号：TP393(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家“863”计划基金资助项目2012AA020403

在线出版日期：2016-08-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：209-214,220