基于聚类小生境遗传算法的DNA编码优化

摘要：

DNA编码优化问题是DNA计算中的核心问题。分析DNA编码优化的约束条件，在单链DNA序列集合上引入h距离，将聚类小生境技术应用于小种群遗传算法的构造，对DNA编码优化问题进行求解。基于h距离定义DNA序列间的相似函数，将碱基字母编码为4进制整数、DNA编码序列作为个体编码为4进制整数向量、种群编码为4进制整数矩阵，基于模4算术运算，构造相应的遗传算子，并给出DNA编码序列的具体计算结果。实验结果表明，与现有DNA编码序列优化结果相比，该算法可得到更好的DNA编码序列且计算效率较高。

关键词：DNA计算、DNA编码、遗传算法、聚类分析、小生境、模运算

分类号：TP301.6(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金资助项目31170797,31370778,61103057,61370005;辽宁省教育厅科研基金资助项目L2011218;长江学者和创新团队发展计划基金资助项目IRT1109。

在线出版日期：2015-03-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：135-140