一种快速精确的个体单体型重建算法

摘要：

在最少错误更正模型的基础上，提出一种重建单体型的启发式算法 H-MEC。按照单体型的单核苷酸多态性(SNP)位点顺序依次构建算法步骤，根据某SNP位点取值将覆盖该SNP位点的片段划分为2个集合，利用包含片段数较多集合中的片段进行重建。使用HapMap计划发布的CEPH样本中的60个个体，在1号染色体的单体型上进行实验。结果表明，H-MEC算法在各种参数设置下，能获得较Fast Hare算法和DGS算法更高的单体型重建率。此外，该算法在重建长单体型时也具有较高的执行效率。

关键词：单核苷酸多态性、单体型、最少错误更正、启发式、重建

分类号：TP301.6(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金资助项目61165009；广西自然科学基金资助项目2011GXNSFB018068,2012GXNSFAA053219；“八桂学者”工程专项基金资助项目；广西高等学校科学技术研究基金资助项目2013YB028

在线出版日期：2013-11-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：222-226