基于CUDA的位并行近似串匹配算法

摘要：

为满足文本检索、计算生物学等领域海量数据匹配对高性能计算的要求,提出一种基于计算统一设备架构(CUDA)的位并行近似串匹配算法.结合图形处理器(GPU)的高并行计算结构及存储带宽特性,通过优化数据存储方式,实现并行化动态规划矩阵算法(BPM)的加速,并对加速性能进行对比测试.实验结果表明,BPM算法通过GPU加速能获得20倍左右的加速比.

关键词：图形处理器、计算统一设备架构、位并行、近似匹配、存储访问

所属期刊栏目：38

分类号：TP312(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家"863"计划基金资助项目2011AA010705;国家自然科学基金资助项目61003295

在线出版日期：2013-01-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：267-270,275