基于GPGPU的生物序列快速比对

摘要：

在CPU-GPU异构平台下,提出一种高效的生物序列比对方案.该方案利用GPU的并行处理能力,通过对读延迟、写延迟、重组函数及数据传输进行优化,在OpenCL框架下重构Smith-Waterman算法,加快生物序列比对速度.实验结果证明,与CPU上传统的串行算法相比,该算法最高可获得约100倍的性能提升.

关键词：生物信息学、序列比对、通用图形处理器、Smith-Waterman算法、OpenCL框架

所属期刊栏目：38

分类号：TP391(计算技术、计算机技术)

在线出版日期：2012-06-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：241-244