寡核苷酸芯片的逐步探针选取算法

摘要：

探针集的挑选是寡核苷酸芯片设计过程中最重要的部分.基于合成探针成本的考虑,探针的个数成为评价探针集优劣的一个最重要的指标.一个好的探针挑选算法应该挑选出尽可能少的探针.为此,对探针选取的贪心算法作了改进,提出一个类似于逐步向前回归算法的探针选取算法.该算法在每次向探针集加入边际效用最大的探针的同时,把边际效用没有或者很小的探针从探针集中剔除出去.对HLA 等位基因数据的实验结果表明,逐步选取算法得到的探针集优于贪心算法挑选出的探针集.

关键词：基因分型、寡核苷酸芯片、探针选取问题、贪心算法、逐步算法

所属期刊栏目：36

分类号：TP311(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金资助项目60961003

在线出版日期：2011-01-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共3页

页码：32-33,36