基于能量的蛋白质结构聚类距离加权策略

摘要：

在对蛋白质预测结构进行聚类的过程中,常用的均方根偏差、TM-score、GDT-TS 等相似性度量方法仅反映了结构之间的距离关系而未考虑结构之间的能量关系.针对上述问题,对候选结构进行距离度量,计算两两之间的能量差异,并以此设置权重,对相似性矩阵进行修改.通过在13 个数据集上的实验表明,采用能量差异对相似性矩阵进行加权后的聚类结果优于加权之前.

关键词：蛋白质结构预测、聚类算法、均方根偏差、相似性矩阵

所属期刊栏目：36

分类号：TP311(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家然科学基金资助项目60970055

在线出版日期：2011-01-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共3页

页码：173-174,177