生物序列搜索算法hmmsearch的加速技术

摘要：

在FPGA 平台实现细粒度并行的hmmsearch 加速技术.采用数据预取、滑动窗口和数据传递等策略实现子处理单元的数据重用.在计算矩阵块内部实现流水线计算.加速器性能为3.59 GCUPS,与CPU 相比,可获得接近235 倍的加速效果.与目前FPGA 上同性质最快的加速器相比,单PE 可获得34%的性能提升.

关键词：生物序列搜索、加速器、现场可编程门阵列

所属期刊栏目：36

分类号：TP301.6(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家"863"计划基金资助项目"面向生物信息学领域的动态可重构算法加速器体系结构研究"2007AA01Z106

在线出版日期：2010-12-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共3页

页码：265-267