基于不同算法的Motif预测比较分析与优化

摘要：

研究转录因子结合位点(TFBs)的主要预测模型及其预测的算法,通过基于调控元件预测的3种代表性的算法MEME、Gibbs采样和Weeder预测拟南芥基因组.比较结果表明,Gibbs采样算法和Weeder算法预测长、短motif效率较高.重点分析MEME算法,提出结合不同算法查找motif的优化方法,并以实验验证该方法能有效提高预测效率.

关键词：转录因子结合位点、motif预测、算法比较

所属期刊栏目：35

分类号：TP311.12(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金资助项目30600329

在线出版日期：2010-01-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：94-96,99