10.3969/j.issn.1000-3428.2009.20.002
基于新测序技术的比对与组装算法
针对新型超高通量测序仪Solexa测序仪所产生的测序片段read的比对与组装问题,提出一种短序列比对与组装算法SRMA,采用对参考序列进行hash的方法,将测序片段read分3段快速、准确地定位于参考序列,对不能定位的read采取从头(De novo)组装的方法进行组装.测试结果表明SRMA算法具有较高的性能和敏感度,以及良好的应用前景.
序列比对、组装、新测序技术
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TP301.6(计算技术、计算机技术)
国家自然科学基金资助项目"当代并行机的并行算法应用基础研究"60533020;国家自然科学基金资助项目"特征信息发现的并行算法及实现研究"60673064;国家科技部基金资助项目"天文、生物信息和计算化学网格计算应用系统建设"2005DKA64002
2009-12-04(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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