基于大规模序列比对软件的并行优化方案

摘要：

基于基因电脑克隆软件SiClone和可变剪接分析软件AltSplice的并行优化工作,提出一种基于大规模序列比对软件的并行优化方案.该方案对所要进行比对分析的大规模序列库按某种策略进行分割部署,使机群中每个节点处理整个序列库的一部分,可有效减少磁盘I/O和节点间通信开销,适合低价高效的Linux机群系统.

关键词：并行优化、EST序列库、分割部署

所属期刊栏目：35

分类号：TP311(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家"863"计划基金资助项目"超级计算网格接点建设"2002AA104540;中国科学院"十五"信息化建设基金资助项目"超级计算环境建设与应用"

在线出版日期：2009-04-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共3页

页码：91-93