基于曙光4000A的BLAST并行算法

摘要：

对BLAST启发式算法的实现做了优化:引入批处理的概念、并对整个库文件建立哈希表,实现了I/O延迟掩藏,提高了整个比对过程的速度,同时降低了内存消耗.优化的算法有利于并行化的实现:在并行系统中,将库文件广播到各个计算节点,由节点在局部分别建立哈希表.然后将查询文件分割发送到各个计算节点并行比对,计算结果可以在节点直接输出,不需要主结点收集,减少了通信开销.

关键词：BLAST、批处理、并行、集群、曙光4000A

所属期刊栏目：32

分类号：TP311(计算技术、计算机技术)

资助基金：中国科学院资助项目60372040;中国科学院知识创新工程项目KSCX2-SW-233

在线出版日期：2006-06-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共3页

页码：45-46,49