蛋白质原子运动轨迹生成改进算法

摘要：

传统实现蛋白质分子动态模拟均采用采样方式生成原子运动轨迹.较大的采样间距使原本光滑的轨迹由于时域影响变得凹凸,而小的采样间距使运动缓慢且难以辨别.为解决上述问题,提出一种基于主元分析的运动轨迹生成算法.在参考坐标系内采集所有原子位置数据,计算并构造位置差的协方差矩阵,选择主元构成新基作为投影向量,确定兴趣运动点.以PYP为例,实验验证,通过提出的算法仿真PYP运动平滑而又凸显重点.

关键词：动态模拟、轨迹动画、主元分析、格式解析

所属期刊栏目：30

分类号：TP391.9(计算技术、计算机技术)

资助基金：北京市属高等学校人才强教深化计划"学术创新团队建设计划"项目PHR201007131

在线出版日期：2013-11-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：398-401