蛋白质HP模型的改进和PERM算法求解

摘要：

HP模型是一种被广泛研究的简化的蛋白质折叠模型.在蛋白质螺旋结构的预测上有很高的可信度.但是HP的正方格点模型存在能量计算缺陷,影响其对链上特定结构的计算.针对这一缺陷,给出一种模型上的修正,引入了三角化的格点模型.利用求解格点蛋白质模型高效的算法PERM对通用算例进行了基于2-D三角格点模型的仿真计算.得到了紧密的蛋白质链折叠构型.构型最小能量比正方格点模型更低,得到的标准算例构型比较吻合实际蛋白质折叠的直观构型.计算结果验证了改进模型的有效性.对后续的研究提出了建议.

关键词：蛋白质折叠、三角化方法、格点模型、算法、人口控制

所属期刊栏目：24

分类号：TP301.6(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家重点基础研究发展计划973计划G1998030600

在线出版日期：2007-07-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：287-290