新生儿人双埃柯病毒的检测及遗传特性分析

摘要：

目的:了解人双埃柯病毒(human parechovirus,HPeV)在新生儿中的流行情况.方法:采集新生儿血液、粪便及鼻咽分泌物样本各95份,共计285份样本.将其中45份新生儿粪便样本分为5组,利用病毒宏基因组学方法进行文库构建,再经高通量测序检测HPeV.通过Geneious软件拼接获取HPeV全基因组,并对该毒株进行遗传特性解析.依据HPeV衣壳蛋白序列设计巢氏PCR引物,利用巢氏PCR对285份样本进行流行病学调查.结果:5个文库分别检测出248534、277432、398756、475408、130634条病毒序列,将原始数据上传至NCBI序列读长档案(sequence read archive,SRA)数据库;在文库newbornfeces41获得一株HPeV全基因组,经鉴定属于HPeV-1,重组分析显示该毒株由HPeV-1和HPeV-5重组产生,命名为newborn_zjlh;HPeV流行病学调查显示6份粪便样本阳性,血液及鼻咽分泌物样本检测均为阴性.结论:本研究显示HPeV可在新生儿中流行,主要是肠道感染.

关键词：新生儿;人双埃柯病毒;病毒宏基因组学;系统发育分析;重组分析;Illumina Hiseq测序

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分类号：R446.5(诊断学)

资助基金：镇江市社会发展项目SH2019055

在线出版日期：2021-09-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：401-405,411