民猪从头组装(de novo)的基因组序列特征分析
利用Hiseq2000测序平台对1头雌性民猪采用从头组装(denovo)策略,绘制了其完整的基因组序列.测序深度达116.91×,N50 contig为57.3 kb,N50 scaffold为4.91 Mb,最终组装的基因组大小为2.64 Gb.组装的基因组中重复序列共占基因组大小的41.14％,其中占比最多的为长散在重复序列(Long interspersed nuclear elements,LINE),但存在1.22 Mb大小的缺失序列.共发现12 079 623个单核苷酸多态性(SNP)及1 854 337个插入缺失突变(InDels),检测到38 867个缺失型结构变异(SV)和6 867个插入型SV,以及575个倒位(INV)型变异.其中,缺失序列长多为60～300bp,插入序列长多集中在1～8bp,90％的插入片段长在1～30bp.与11个其他猪种比较筛选后,发现民猪存在12个特异的SV位点,这些位点的形成机制以逆转录转座子元件的插入为主.预测到20 853个基因,其中20 651个基因有功能注释,占预测总数的99.03％.鉴定出22个基因受到正选择,包括与脂类代谢相关的多磷酸肌醇1-磷酸酶(INPP1)和缓激肽受体B1(BDKRB1);与繁殖性状相关的含HORMA结构域的蛋白1(HORMAD1)和核糖体蛋白大亚基8(RPL8);与耐寒性状相关的瞬时性受体电位通道香草酸受体5(TRPV5);与生长性状相关的甲基丙二酰辅酶A表异构酶MCEE和尤因肿瘤相关抗原1(ETAA1)以及与免疫性状相关的环指蛋白31(RNF31).
民猪、从头组装策略、全基因组测序、遗传变异、正选择
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S828(家畜)
现代农业产业技术体系;黑龙江省科研业务费资助项目
2023-11-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共9页
600-608
