延边牛基因组的遗传变异与受选择分析

摘要：

为研究延边牛种质资源的遗传多样性、群体遗传结构,并挖掘延边牛适应性相关基因.基于75个牛的全基因组数据(延边牛16个,安格斯牛4个、西门塔尔牛8个、海福特牛2个、韩牛8个、中国瘤牛7个、哈萨克牛9个、蒙古牛7个、印度瘤牛6个,西藏牛8个,均来自于NCBI公共数据库),对延边牛血统组成、基因组变异及首选择基因进行分析.结果表明:延边牛具有东亚普通牛和欧洲普通牛血统,其中东亚普通牛血统占78％,欧洲普通牛血统占22％.纯合片段(ROH)统计显示,在所有品种中发现的多数ROH长为0.5～1Mb.欧洲商业品种(安格斯牛、海福特牛和西门塔尔牛)具有更多的中等(2～4 Mb)及长ROH片段(＞4Mb),表明欧洲商业品种近期受到的人工选择程度极高.延边牛具有最多的0.5～1 Mb短ROH片段,说明延边牛的选育程度比欧洲商业肉牛品种低.基于基因组杂合度揭示的近交系数表明,在所有群体中,安格斯牛的近交系数最高(0.54),中国瘤牛最低(-0.71).平均基因组核苷酸多样度结果显示,中国瘤牛＞印度瘤牛＞蒙古牛＞哈萨克牛＞西藏牛＞延边牛＞韩牛＞西门塔尔牛＞安格斯牛＞海福特牛.选择信号扫描分析发现4个与延边牛脂肪调控相关的基因(ADRB3,PDE3B,SORLA,TMEM135),可能与其寒冷气候适应性相关.

关键词：延边牛、基因组、SNP、群体结构、遗传多样性、受选择信号

所属期刊栏目：45

分类号：S823.9+4(家畜)

资助基金：国家肉牛牦牛产业技术体系项目CARS-37

在线出版日期：2023-09-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：444-450