我国猪瘟病毒2.1c亚型优势流行株的全基因组序列分析

摘要：

为了揭示我国猪瘟病毒2.1c流行株的基因组特征,对从1998年和2011-2018年收集的8个2.1c流行株进行全基因组序列测定和比较分析.结果表明:基因2.1c流行株之间的基因组序列同源性为96.3％～99.1％,多聚蛋白的氨基酸同源性为98.2％～99.3％,这些毒株与疫苗C株的基因组和多聚蛋白同源性分别为83.9％～84.7％和91.7％～92.4％.多聚蛋白氨基酸比对发现,2.1c流行株相比于疫苗株至少有260个氨基酸替换位点,其中Erns蛋白的替换比例最高,其次为NS5A,Core和E2.选择压力分析显示,猪瘟病毒2.1c流行株多聚蛋白的选择压力测度参数ω＜1,表明其正承受着纯化选择压力,同时发现14个正向选择位点分布于7个病毒蛋白上.基于E2基因的进化分析显示,2.1c流行株的E2基因平均进化速率为1.862×10-3个替换/位点/年,高于所有基因型毒株E2基因的进化速率(9.547×10-4个替换/位点/年).研究系统地分析了基因2.1c亚型流行株的进化特点及其与C株的遗传差异,结果有助于进一步研究猪瘟病毒的遗传衍化规律.

关键词：猪瘟病毒、C株、2.1c亚型毒株、基因组序列分析

所属期刊栏目：44

分类号：S852.651(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家重点研发计划2017YFD0500101

在线出版日期：2022-07-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：78-85