基于siRNA-mRNA结合热力学特征的高效siRNA筛选

摘要：

siRNA与靶标mRNA的相互作用的热力学特征对于其干扰效率至关重要.RNAup是维也纳RNA软件包提供的预测靶标区域的可接触性(accessibility)的软件,将其预测的热力学特征加入到siRNA序列特征里,用支持向量机筛选高效的siRNA,该模型能够很好地预测出高效的siRNA,准确率达到88.12％,敏感度和特异性分别为88.35％和87.94％.

关键词：计算机应用、热力学、RNAi、支持向量机、干扰效率预测

所属期刊栏目：44

分类号：TP399(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金项目60971089;吉林大学“大学生创新创业训练计划”创新训练项目2012B53146

在线出版日期：2016-05-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：191-195