10.3321/j.issn:1671-5489.2008.04.021
排序距离矩阵蛋白质结构比对算法
提出一种改进的SortMatAlign算法, 通过快速排序预处理距离矩阵, 使MatAlign算法的时间复杂度由O(N4)降为O(N3). 结果表明, SortMatAlign算法计算出的RMSD值平均是MatAlign算法的1.098倍, 使用残基个数和RMSD综合衡量标准的S值平均是MatAlign算法的0.968倍, 在同等条件下, 运行速度比MatAlign提高18.276倍.
蛋白质结构、结构比对、快速排序、SortMatAlign算法、时间复杂度
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TP18(自动化基础理论)
国家自然科学基金60433020, 60673099;吉林大学"985工程"项目基金
2008-09-23(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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