基于SLAF-seq技术的古茶树SNP位点开发

摘要：

为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点.结果表明,利用猕猴桃参考基因组进行电子酶切预测,选择HaeIII酶进行酶切,得到237773个SLAF标签,其双端比对效率为91.40％,酶切效率为96.41％,说明SLAF建库正常.测序后各样品所获得的读长数为1279534～8460233,测序质量值Q30范围为92.61％ ～94.88％,均值为93.84％,测序获得的GC比例为43.52％ ～47.18％.共开发1656258个古茶树SLAF标签,样品的平均测序深度为24.21×,其中多态性SLAF标签有462897个,根据所获得的多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共得到2690638个群体SNP标记,根据完整度大于0.8且次要基因频率(MAF)大于0.05的标准进行过滤,得到283376个高一致性的群体SNP标记.

关键词：古茶树、SLAF-seq、SNP位点、高通量测序、分子标记

所属期刊栏目：37

分类号：S603(一般性问题)

资助基金：中央财政农业生产发展基金黔财农〔2015〕240 号;贵州省农业攻关项目黔科合支撑〔2016〕2603 号;贵州省农业攻关项目黔科合支撑〔2018〕2330 号;贵州省科技厅重大专项计划黔科合重大专项字〔2016〕3002 号

在线出版日期：2019-06-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：7-12