柿EST-SSR引物的开发及筛选

摘要：

为丰富柿树SSR引物来源,利用从NCBI下载的9 474条柿属EST序列开发柿EST-SSR引物,并用于分析7个柿品种的遗传多样性.EST序列经去除低质量及冗余片段后拼接成1 390条重叠序列和4 097条无重复序列.共搜索到601条EST序列中含有540个SSR.SSR出现频率为10.96％,其中以2核苷酸为主(61.06％).利用检出的SSR-ESTs序列设计SSR引物100对,对7个柿样品进行了PCR扩增,31对引物有扩增带,占设计引物的31％,其中14对引物有多态性,占可扩增引物的45.2％.同时发现引物68是临潼板柿的特异引物.引物68的P68-115、P68-160和P68-210处为临潼板柿的3个特异性标记位点,而引物28的P28-225是麻城秋艳的特异性标记位点.

关键词：柿、EST、SSR标记

所属期刊栏目：30

分类号：S665.2(果树园艺)

资助基金：林业公益性行业科研专项200904041

在线出版日期：2013-03-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：27-31