猪圆环病毒3型Cap蛋白序列的生物信息学研究
猪圆环病毒3型(PCV3)是一种在世界范围内分布较广泛的新型猪病毒,其发病机制尚不清楚.为系统分析PCV3 Capsid(Cap)蛋白序列和结构特点,收集GenBank登录的来自不同国家和地区的210条PCV3全基因组和Cap蛋白基因序列,筛选获得46株PCV3代表序列;采用生物信息学(BioEdit和MAGE 6.0等)技术分析PCV3 Cap序列同源性、结构特点、系统进化和热点突变位点情况.结果 表明:46株PCV3 Cap序列同源性为97.66％～ 100％,PCV3 Cap预测的8个B细胞和10个T细胞表位中均存在序列突变,其中B细胞抗原表位E(109～146位氨基酸)和T细胞抗原表位D(72～81位氨基酸)存在的突变位点数最多.研究发现26株属于PCV3a,20株属于PCV3b.PCV3与PCV2 Cap序列比较分析发现,PCV3 Cap在NLS区域内有6处突变(R11K、R12K、H26M、R27K、V31A和R34K);PCV3 Cap序列间比对分析发现,PCV3b Cap序列出现突变的几率(17/20,85％)高于PCV3a(19/26,73％).而从临床表现有繁殖障碍和死胎的样品中检测出的PCV3序列均存在S77T和I150L突变位点;从伴有发热、肺炎的仔猪以及肺匀浆样本检测出的PCV3序列中均有R10K突变位点,这些特定的突变位点与临床症状的关系需后续深入研究.本研究结果为PCV3基因功能、进化、预防和控制等研究提供重要序列信息.
猪圆环病毒3型、Cap蛋白、氨基酸突变位点、生物信息学
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S852.65+1(动物医学（兽医学）)
国家自然科学基金;湖南省自然科学基金面上项目;大学生研究性学习和创新性实验计划项目;湖南农业大学校科学基金项目
2020-07-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共8页
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