基于生物信息学筛选通过调控脂肪细胞功能改善肥胖的中药单体

摘要：

目的 筛选通过调控脂肪细胞功能改善肥胖的中药单体并进行初步验证.方法 从GEO数据库中下载数据集GSE70353和GSE72158.数据集GSE70353含770名不同BMI男性(45～73岁)对应皮下白色脂肪组织(SAT)的基因表达数据,数据集GSE72158含42例女性减肥术前及术后1年SAT的基因表达数据.使用R语言对基因芯片数据集GSE70353和GSE72158分别进行差异分析,并筛选出两个数据集的共同差异表达基因(DEGs),对共同DEGs进行功能注释GO富集分析和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互作网络(PPI),鉴定出核心(hub)基因,利用药物基因组数据库(cMAP)筛选出可调控hub基因的中药单体.使用3T3-L1细胞诱导分化为成熟白色脂肪细胞(WAT),选取不同浓度岩白菜素(0、0.4、2、10μmol/L)和银杏内酯A(0、0.01、0.1、1μmol/L)处理WAT 24 h,并采用qRT-PCR检测白细胞介素-6(IL-6)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)mRNA的表达水平.结果 两个数据集中有64个共表达DEGs,GO和KEGG分析显示免疫细胞趋化富集,与补体相关级联激活、各种炎症、营养应激、脂质运输等通路有关.通过Cytoscape鉴定出18个hub基因[APOB(上调),ACP5、C1QB、C1QC、CCL2、CCND1、CD163、CD68、FCER1G、ITGB2、MMP9、MS4A6A、MS4A7、PLEK、SPP1、TNFRSF11B、TYROBP、VSIG4(下调)],利用cMAP筛选出28个可调控hub基因的中药单体,其中22个已被证实能够改善肥胖.与0μmol/L组相比,0.4μmol/L岩白菜素组及0.1μmol/L银杏内酯A组PPARγmRNA表达水平降低(P<0.05),0.4μmol/L、10μmol/L岩白菜素组及0.1μmol/L银杏内酯A组IL-6 mRNA表达水平降低.结论 共筛选出28个中药单体,其中22个已被证实能够改善肥胖,细胞实验初步证实岩白菜素和银杏内酯A可调节脂肪细胞功能.

关键词：肥胖、基因表达综合数据库、生物信息学、中药单体、白色脂肪细胞

所属期刊栏目：47

分类号：R589.2(内分泌腺疾病及代谢病)

资助基金：国家自然科学基金;浦东新区卫生系统重点亚专科建设资助项目

在线出版日期：2022-09-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：771-780