从GEO数据库筛选结肠癌差异关键基因及验证

摘要：

目的 通过基因表达综合(GEO)数据库分析筛选出结肠癌(CC)组织差异表达基因,同时通过体外实验进行验证,挖掘潜在的结肠癌差异关键基因.方法 从 GEO 数据库获取人 CC 数据集 GSE10950 和 GSE74602,利用GEO2R和韦恩(Venn)图在线分析工具筛选CC和正常结肠组织的差异表达基因(DEGs).通过DAVID在线工具对差异表达基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,然后利用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并选出核心基因.使用GEPIA数据库进行生存分析,将与预后显著相关的核心基因视为关键基因.用细胞转染及 CCK8 法进一步验证关键基因的功能.结果 从 2 个数据集中获得了515 个DEGs,其中 223 个表达上调和 292 个表达下调.GO富集分析显示上调DEGs参与细胞周期负调控、转录调控等生物学过程,KEGG信号通路分析上调DEGs主要富集于细胞周期和DNA复制等信号通路.PPI网络筛选出33 个核心基因.经UCLCAN分析发现,CCNB1、CCNA2、CDC20、CDKN3、DLGAP5、HMMR和NCAPG高表达的CC患者生存期较短(P＜0.05).通过 GEPIA 数据库验证,CC 患者中 7 个基因的表达水平升高,差异有统计学意义(P＜0.05).KEGG 通路分析表明 CCNB1、CDC20 和 CCNA2 在细胞周期中高度富集.敲低 CCNB1、CDC20 和CCNA2 表达可显著抑制结肠癌细胞增殖.结论 筛选出可能参与结肠癌发展的 7 个关键基因,其中CCNB1、CDC20和CCNA2 可能成为CC的诊断分子标志物和治疗靶点.

关键词：结肠癌、生物信息学分析、差异表达基因、蛋白相互作用网络

所属期刊栏目：43

分类号：R735.7(肿瘤学)

资助基金：首都医科大学自然科学基金;首都医科大学燕京医学院科研培育基金

在线出版日期：2023-11-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1685-1692