沙门氏菌Ⅲ型分泌候选基因yiiG的比较基因组分析

摘要：

目的：研究沙门氏菌Ⅲ型分泌候选基因yiiG的分布和进化。方法利用序列比对检测yiiG分布，通过比较基因组学和进化树重建分析基因进化史。结合RNA-seq数据，分析yiiG和其他沙门氏菌毒性基因表达相关性。生物信息预测YiiG蛋白是否含有公认的Ⅲ型分泌系统（T3SS）分泌信号。结果 yiiG在S．enterica种内enterica亚种高度保守，在其他亚种多变；S．bongori种内无分布。在沙门氏菌外其他菌属中，仅在部分志贺氏菌和大肠杆菌中有yiiG分布。所有yiiG所在基因组近邻区域位置保守。 S．enterica种内enterica亚种的大量血清型中，yiiG基因上游存在一个head-to-head排列的高同源未注释基因（ yiiGRrc）。 RNA-seq数据分析揭示yiiG在细菌侵染环境刺激下表达、表达水平和T3SS相关毒性基因高度相关。各种新效应蛋白预测软件分析提示YiiG具有T3SS分泌／转运信号。结论 yiiG基因座为一个古老、遗传重组活跃的热点区域；yiiG与沙门氏菌毒性高度相关；另外，新鉴定的yiiG密切相关基因yiiGRrc，为进一步理解yiiG基因家族及其功能分化研究奠定基础。

关键词：yiiG、沙门氏菌、Ⅲ型分泌系统、效应蛋白、比较基因组

所属期刊栏目：37

分类号：Q933;R378.2(微生物学)

资助基金：国家高技术研究发展计划863 SS2014 AA022210-04；国家自然科学基金青年项目NSFC81301390

在线出版日期：2017-02-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：43-49