一种基于计算机的单核苷酸多态性位点检测方法

摘要：

目的 探讨一种成本低廉、操作简便,并能在大量基因数据中筛选出单核苷酸多态性(SNP)位点的计算机方法.方法 通过提取特征属性值项,采用基于最优风险与预防模式的数学算法,从SNP位点的角度分析基因突变现象.并以HBV(乙肝病毒)的演化为例,应用所提出的方法研究急性乙型肝炎转化为慢性乙型肝炎再至肝硬化过程中病毒基因的突变现象.结果 实验共检测出18处急性转慢性候选SNPs位点,其中4处属于碱基替换突变,1处属于碱基缺失突变,该5处已有报道,另外13处是新发现的候选SNP位点.同时检测出3处新发现的慢性转肝硬化候选SNPs位点,其中2处属于碱基替换突变,l处属于碱基缺失突变.结论 该方法操作简便,所需软硬件设备容易配置,在检测的便捷性和检出率方面都具有一定优势,将对乙型肝炎及其他疾病的临床诊断和研究起到有益的参考作用.

关键词：最优风险与预防模型、SNP位点、乙型肝炎病毒

所属期刊栏目：34

分类号：R318.04(医用一般科学)

资助基金：国家自然科学基金11265007;云南省基础应用研究基金2009Zc049M;云南省教育厅科学研究基金2012Y551

在线出版日期：2014-04-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：229-234