胃癌及其癌前病变相关新基因GP1的生物信息学分析

摘要：

目的 利用生物信息学方法对新克隆的GP1基因和蛋白序列进行分析,推测其在胃癌发生、发展过程中的作用.方法 以人类基因组数据库为基础,利用Megablast工具和SAGE数据库对GP1进行染色体定位和组织表达分布分析;应用BLAST进行GP1的基因结构分析和相似序列搜索;应用ORF finder对GP1编码的蛋白进行序列预测;应用ProParam、TMPRED等软件分析GP1编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位及结构域等信息.结果 GP1基因全长1 362 bp,其最长开放读码框为801 bp,编码267个氨基酸,相似性搜索发现GP1基因片段与人AF083246基因片段具有很高的相似性(100%).在GP1蛋白上有一个与真核起始因子5C(eIF5C)具有低度同源性的结构域.SAGE结果显示GP1在多种组织中都有表达.RT-PCR验证了基因的组织表达谱.结论 生物信息学的分析表明GP1是一个胃癌相关基因,可能在胃癌的发生发展过程中起一定的作用.

关键词：胃癌、癌前病变、生物信息学、功能预测

所属期刊栏目：30

分类号：R730.2(肿瘤学)

资助基金：山东省教育厅资助课题J06L88

在线出版日期：2013-11-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1284-1287