利用生物信息学技术挑选TLR2基因标签单核苷酸多态性位点

摘要：

目的 利用生物信息学技术挑选中国人群中的TLR2基因标签单核苷酸多态性(SNP)位点.方法 利用NCBI数据库,确定TLR2基因研究范围,并利用Hapmap数据库下载中国人群的TLR2基因的SNPs数据;使用Haploview 4.0软件对TLR2基因进行了连锁不平衡分析;通过对D'值95%可信区间上下限的分析,在整个TLR2基因范围内构建单倍域(haplotype block);然后根据单倍域内SNPs之间的r~2值和LOD值,挑选标签SNP;最后根据单倍域内的单倍型所占比例,挑选出标签SNP代表的单倍型.结果 在中国人群中,TLR2全基因范围内共构建2个单倍域,挑选出3个标签SNPs(3013 A/G、19216 T/C、22215 G/T).同时,确定了单倍域内的标签SNPs分别代表的单倍型.结论 中国人群的TLR2基因的3个SNPs位点(3013 A/G、19216 T/C、22215 G/T)是最有代表性的标志性位点,可被选为标签SNPs,并指导中国人群TLR2基因与脓毒症关联研究.

关键词：TLR2、单倍域、标签SNP、单倍型

所属期刊栏目：30

分类号：R318.04(医用一般科学)

资助基金：国家重点基础研究发展规划"973"项目2005CB522602

在线出版日期：2013-11-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：242-245