应用生物信息学方法分析人HCA56基因

摘要：

目的利用生物信息学对新克隆的人ligatin 样基因HCA56的基因和蛋白序列进行分析,探讨生物信息学在新基因研究中的作用.方法以人类基因组数据库为基础,利用电子PCR和SAGE数据库对HCA56进行染色体定位和组织表达分布分析;BLAST程序进行HCA56的基因结构分析和相似序列搜索;ORF finder和Gene Runner3.05程序对HCA56编码蛋白进行序列预测和功能分析.结果得出HCA56的全长cDNA为2 021 bp,定位于染色体1q31-q32,其最长的开放读码框架为1 755 bp,编码584个氨基酸,编码氨基酸含有一个亮氨酸拉链和一假定的RNA结合保守序列.相似性搜索发现HCA56基因片段与人ligatin基因片段具有很高的相似性(99%).SAGE结果显示HCA56在多种组织中都有表达.结论生物信息学是进行新基因研究的有效方法;HCA56很可能是ligatin的全长编码基因.

关键词：生物信息学、功能预测、HCA56

所属期刊栏目：25

分类号：Q7(分子生物学)

资助基金：科技部科研项目G1999053904

在线出版日期：2005-05-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：169-172