云南省昆明市HIV-1流行株pol基因序列特征分析

摘要：

目的 了解云南省昆明市人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)的亚型分布特征及其pol结构基因的变异特征.方法 随机抽取2015-2019年昆明市抗病毒治疗半年以上的样本390例,收集其流行病学信息,血浆提纯HIV-1 RNA,采用巢式聚合酶链式反应扩增HIV-1 pol基因,应用Genotyping Tool、BLAST在线分型工具及MEGA 6.06软件进行基因分型,运用MEGA Distance程序计算基因距离,Entropy程序分析氨基酸多态性,进而对HIV-1流行株的pol基因序列特征进行分析.结果 成功扩增获得pol基因序列318例,云南省昆明市的HIV-1亚型主要为B亚型占比3.1％,C亚型占比4.4％,CRF01_AE占比26.1％,CRF07_BC占比20.4％,CRF08_BC占比42.8％,其他亚型占比3.1％.各个亚型在性别、年龄及感染途径的构成上差异均有统计学意义(均有P＜0.001).CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC的基因距离分别为(0.018±0.008)、(0.015±0.006)和(0.006±0.004)bp,差异均有统计学意义(均有 P＜0.01).CRF01_AE亚型中静脉药瘾感染者与性接触感染者中共有45个位点的氨基酸差异存在统计学意义(均有P＜0.05),异性性传播与同性性传播中共156个位点有差异.结论 昆明市HIV-1亚型分布复杂多样,以CRF08_BC为主,传播途径以异性性传播为主,CRF01_AE亚型为昆明地区变异程度较高的流行株,不同感染途径毒株的氨基酸突变位点存在差异,应密切监视其变化.

关键词：人类免疫缺陷病毒1型、亚型分布、基因距离、氨基酸变异

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分类号：R512.91;R181.3(传染病)

资助基金：国家自然科学基金;云南省高层次卫生技术人才培养经费资助项目;云南省艾滋病病毒学及临床诊疗技术创新研究中心

在线出版日期：2022-04-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：309-314