基于3个甲基化调控的长链非编码RNA建立结肠腺癌的风险模型

摘要：

目的 本研究通过挖掘癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和基因表达公共数据库(gene expression omnibus,GEO),鉴定结肠腺癌(colon adenocarcinoma,COAD)中甲基化调控的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)并判断其预后价值.方法 从TCGA数据库下载COAD患者的表达谱数据、DNA甲基化数据以及相应的临床数据.从GEO数据库下载GSE39582队列表达谱数据.使用R 4.0软件,通过"edgeR"和"limma"包筛选差异表达基因并通过Spearman秩次相关判断基因表达值和甲基化值的相关性.使用Cox回归模型构建风险模型.结果 通过对TCGA和GEO数据库的联合分析,鉴定出23个甲基化调控的lncRNA.单因素Cox分析鉴定出4个甲基化调控的lncRNA(LINC00675、LINC01082、LINC01207和RP1-170019.14)与COAD患者的总生存期(overall survival,OS)相关.采用逐步Cox回归分析构建风险模型,风险评分=(-0.14819×表达量LINC01082)+(-0.12050×表达量LINC01207)+(-0.12046×表达量RPI-170019.14).结论 本研究基于甲基化调控的lncRNA构建COAD患者的风险模型,可以促进对COAD患者OS的个体化预测.

关键词：甲基化;结肠腺癌;风险模型;长链非编码RNA;TCGA

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分类号：R181.2;R735.3(流行病学与防疫)

资助基金：国家自然科学基金81400322

在线出版日期：2021-11-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1042-1047