HIV相关神经认知障碍患者脑组织基因表达谱的变化及生物信息学分析

摘要：

目的 分析人类免疫缺陷病毒相关神经认知障碍(human immunodeficiency virus-related neurocognitive disorder,HAND)患者脑组织基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为后期HAND预防及治疗提供新的理论依据.方法 从基因芯片公共数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载美国纽约HAND患者(14例)和非患者(7例)脑组织基因芯片数据,利用基因云,基因大数据分析(gene-cloud of biotechnology informs,GCBI)实验平台、GenClip 2.0和Sytoscape 3.5.1软件,筛选差异表达基因,探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,从转录组角度阐述HAND发展的分子机制.结果 与对照组相比,HAND组共有780个(1.43％)差异表达基因;主要涉及免疫应答、免疫调控、抗感染、抗病毒、细胞信号传导及突触传递等功能.LYN和RPS4Y1基因为蛋白-蛋白交互作用网络的核心节点;DNM1、FLT1、NOTCH3、LYN、ISG15和RPS4Y1为关键表达基因,其中,DNM1、FLT1和NOTCH3基因在HAND组低表达,而LYN、ISG15和RPS4Y1基因为高表达,差异均具有统计学意义(均有P＜0.05).结论 HAND组和对照组有780个差异表达基因,LYN和RPS4Y1基因为蛋白网络核心节点,在HAND组中高表达,其功能主要涉及免疫应答、免疫调控、抗感染、抗病毒等生物学功能.

关键词：HIV、基因表达、计算生物学

所属期刊栏目：21

分类号：R349.6;R181.2(人体生物化学、分子生物学)

资助基金：陕西中医药大学2014年校内科研基金14XJZR07;四川省教育厅人文社科重点研究基地SXJY1606

在线出版日期：2018-01-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1277-1281