基于生物信息学的hsa-miR-32靶基因预测与功能分析

摘要：

目的 利用生物信息学方法,预测hsa-miR-32的靶基因并分析其功能,为深入研究其生物学功能提供指导和思路.方法 利用miRBase数据库获取并分析不同物种的miR-32序列特征;从公共GEO(gene expression omnibus,GEO)数据库中下载不同疾病相关的microRNA表达谱芯片数据,通过miRGator v3.0在线工具和Qlucore Omics Explorer 3.0软件分析hsa-miR-32在不同疾病组织中表达情况;并用PicTar、DIANA-microT-CDS 7.0、PITA及miRanda等方法预测hsa-miR-32靶基因,对获得的靶基因集合分别进行功能富集分析(gene ontology analysis)和生物通路富集分析(pathway enrichment analysis).结果 miR-32在不同物种间高度保守.与癌旁正常组织相比,hsamiR-32在子宫癌、结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、乳腺癌等多种癌组织中表达异常(均有P＜0.05).包括已被证实的靶基因,共得到168个候选基因,这些靶基因主要参与调控基因表达、细胞增殖、信号转导、细胞死亡等生物学过程(均有P ＜0.05),涉及小细胞肺癌、前列腺癌、胶质瘤、黑素瘤等疾病相关通路,以及p53等肿瘤相关信号通路和细胞周期等信号转导通路(均有P ＜0.05).结论 hsa-miR-32功能广泛,与癌症的发生、发展密切相关.

关键词：癌、基因、计算生物学、预测

所属期刊栏目：20

分类号：R349.6;R349.64(人体生物化学、分子生物学)

资助基金：国家自然科学基金39880032;广东省领军人才基金C1030925

在线出版日期：2016-07-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：609-613