has-miR-16靶基因预测及生物信息学分析

摘要：

目的 预测has-miR-16靶基因并对靶基因的分子功能、生物学过程和信号转导通路富集性分析,全面认识miR-16涉及的生命过程和疾病.方法 通过阅读文献结合生物信息学预测的方法得出靶基因集合,用Cytoscape 3.2.1软件和DAVID (the database for annnotation visualization and integrated discovery)数据库分别对靶基因GO(gene ontology)注释和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号转导通路进行富集性分析.结果 各物种已知的成熟miR-16序列具有高度保守性.397个靶基因在分子功能上显著富集于蛋白结合、DNA结合、酶类活性、胰岛素样生长因子受体活性等功能,在生物学过程显著富集于发育过程、细胞粘附、神经发生、细胞代谢和细胞周期调控等过程.靶基因显著富集的信号通路有癌症通路、p53信号通路、神经营养因子信号通路等通路.结论 从分析结果得出has-miR-16通过调控靶基因参与了人类生命活动和疾病过程的很多方面,尤其在癌症的病理过程是一个值得进一步研究的方向.

关键词：基因、计算生物学、预测

所属期刊栏目：20

分类号：R349.6(人体生物化学、分子生物学)

资助基金：国家自然科学基金81273026;湖南省卫生厅科研基金B2011-044

在线出版日期：2016-03-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：193-197