广西分离乙脑病毒全基因组序列特征研究
目的 分析近年来在广西分离的流行性乙型脑炎病毒的全基因组序列特征.方法 使用乙脑病毒的全基因组序列测定引物进行逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增,产物直接测序,拼接后获得全基因组序列.再利用DNASTAR 5.0、ClustalX 1.8等生物信息学软件进行核苷酸序列与乙脑病毒系统进化分析.结果 在广西分离到的乙脑病毒基因组全长均为10 965个核苷酸,从97～ 10 932位核苷酸编码3 432个氨基酸.广西毒株之间的核苷酸同源性为98.2％～99.0％,氨基酸同源性为99.3％ ～ 99.8％,与GenBank中收录的其他乙脑病毒的全基因组序列比较发现,核苷酸同源性为83.7％ ～ 99.1％,氨基酸同源性为94.6％ ～99.7％；与目前使用的减毒活疫苗株SA14-14-2比较,核苷酸同源性为88.6％ ～ 88.9％,氨基酸同源性为97.2％～97.6％.在E蛋白有18个氨基酸位点的差异,但都位于抗原关键位点之外.通过E区段、3'NTR区段、PrM/C区段与全基因组序列进行系统进化分析均显示广西毒株均属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 近年来在广西分离的乙脑病毒均属于基因Ⅰ型,与越南、四川、广东以往分离毒株的遗传进化关系较近,决定病毒毒力关键的氨基酸位点未见明显变化.
脑炎病毒、基因组,病毒、进化
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R181.3;R373.31(流行病学与防疫)
广西壮族自治区卫生厅计划课题Z2008204
2013-03-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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