长薄鳅基因组四碱基重复微卫星的分离及序列特征分析

摘要：

采用生物素探针(GATA)8杂交和磁珠富集法直接从长薄鳅基因组中分离出了一批四碱基重复微卫星DNA,并对其序列特征进行了分析.随机挑取200个单克隆进行筛选,得到175个阳性单克隆(87.5％).测序发现共有117个阳性克隆含有微卫星重复单元.通过序列比对,排除重复测的序列后,得到91条重复类型和重复次数不同微卫星的序列,其中含四碱基重复的微卫星有62条.与探针相同或互补(GATA/CTAT)n的四碱基重复微卫星位点数最多,此外,还检测到其它的四碱基重复类型,如(AGAC/TCTG)n、(AAGA/TTCT)n、(GATG/CTAC)n,以及(CT)n+ (AT-AG)n和(AT)n+ (ATAG)n二碱基和四碱基复合型微卫星位点.获得的长薄鳅基因组四碱基重复微卫星位点中,属于完美型的最多,有30条(48.4％),其次为复合型,有29条(46.8％),非完美型的有3条(4.8％).大多数的四碱基微卫星(31条)重复次数为10～19次,占50.0％,其次为20～29次和5～9次四碱基重复,均为22.6％,30次以上的四碱基重复较少,仅有3条(4.8％).

关键词：长薄鳅、微卫星、四碱基重复

所属期刊栏目：47

分类号：Q74(生物小分子的结构和功能)

资助基金：国家自然科学基金项目51109091,51310105036;湖北省教育厅科研项目B2013149;中国长江三峡集团公司项目0799527;公益性行业农业科研项目200903048

在线出版日期：2014-01-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：824-829