基于Snakemake的RNA-seq数据自动化分析流程RNApipe

摘要：

为使科研工作者简单高效地分析RNA-seq数据,本研究基于Snakemake工作流程管理系统和Conda环境管理器构建了一个自动化和模块化的工作流程:RNApipe(Github:https://github.com/ywu019/RNApipe.git),其可对来自任何有参物种的RNA-seq数据自动执行质控、比对、定量、鉴定差异基因,以及GO、KEGG、GSEA等功能注释分析;其中,每一步骤的分析结果均以高质量的可视化图片或报告展示,并保留重要的输出文件.使用RNApipe在多个模式物种中的测试与评估结果表明:RNApipe可以平稳运行,且注释结果准确.与现有的自动化分析流程相比,RNApipe的主要特点包括:工作流程较为完整、默认工具消耗时间与资源较少、适用于任何有参物种、全面的可视化、以及用户友好性(易安装、易使用、易扩展).研究表明,RNApipe便于研究人员快速地从大型RNA-seq测序数据中获取基本信息.

关键词：转录组测序、差异表达分析、功能注释、Snakemake、Conda、自动化数据分析、可视化

所属期刊栏目：41

分类号：TP311.13(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金31970552

在线出版日期：2022-12-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：143-151