二倍体和四倍体泥鳅全基因组DNA甲基化的比较
以二倍体和四倍体泥鳅为研究对象,采用甲基化修饰依赖性内切酶测序技术(MethylRAD-Seq)在全基因组水平上分析泥鳅的 DNA 甲基化特点及倍性间的 DNA 甲基化变异.测序结果共得到 302 111 684 条Methyl-RAD序列标签.与参考基因组比对结果显示,泥鳅的甲基化位点主要分布在基因体区(gene body),其次为内含子区(intron)和基因间区(intergenic),而在其他功能元件上的分布较少.四倍体泥鳅的整体甲基化水平比二倍体高,尤其是在第一外显子区(1stExon)和转录起始位点上游 1 500 bp至 200 bp 区(TSS1500),且倍性间差异极显著(P＜0.0 1 ).但在启动子区,四倍体泥鳅的甲基化水平略低于二倍体.在二倍体和四倍体泥鳅间共筛选到 1 2 6 8 个差异甲基化CmCGG位点和1 4 个差异甲基化CmCWGG位点,这些位点主要分布于内含子、基因体和基因间区.比较各基因的甲基化水平,共得到 684 个倍性间差异甲基化基因.KEGG分析结果显示,倍性间差异甲基化基因主要富集到与生长发育、免疫及错配修复等相关通路上.
泥鳅、二倍体、四倍体、DNA甲基化、Methyl RAD-Seq
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Q959.46+8(动物学)
国家自然科学基金项目31472267
2018-12-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共9页
95-103
