草鱼柠檬酸合酶基因SNP筛选及与生长性状的关联分析

摘要：

根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库中预测的柠檬酸合酶基因的1个Contig序列,设计引物扩增该基因的部分序列,然后采用PCR产物直接测序法筛选SNP突变点.测序的序列经比对后,共筛选到2个在内含子10上的SNP突变点:A-386G和C-499G.随机选择同批繁殖和同塘混养的144尾草鱼对2个SNP位点用Snapshot方法进行检测和分型,并统计基因型频率.A-386G位点的AA基因型占47.10％,AG基因型占38.41％、GG基因型占14.49％;C-499G位点的CC基因型占31.85％,CG基因型占46.67％,GG基因型占21.48％,均属于中度多态位点.利用一般线性模型(GLM)分析2个SNP位点与草鱼6个生长性状(体质量、体长、体高、头长、尾柄长和尾柄高)的相关性,结果显示,A-386G和C-499G位点的不同基因型在这6个生长性状均值有差异,但均不存在显著差异.将这2个SNP不同基因型两两组合,一共组成7种双倍型(去掉频率小于3％的组合D2和D5),GLM相关分析表明5种双倍型在5个生长性状(体质量、体长、体高、尾柄长和尾柄高)上均存在差异,其中在头长上存在显著差异,D6双倍型(A-386G/AG和C-499G/GG)在6个生长性状上均值均最大,属于生长优势双倍型.本研究显示,筛选到的柠檬酸合酶基因上的2个SNP位点具有用于草鱼生长性状的分子辅助育种的潜力.

关键词：草鱼、柠檬酸合酶基因、单核苷酸多态性、生长性状

所属期刊栏目：33

分类号：Q959.46+8(动物学)

资助基金：现代农业产业技术体系建设专项CARS-46-03;国家科技支撑计划项目2012BAD26B02;国家高技术研究发展计划2011AA100403“863”项目

在线出版日期：2014-06-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：84-89