大刍草苗期转录组RNA-Seq数据的de novo拼接

摘要：

采用solexa测序技术,对大刍草苗期全株各组织转录组进行了RNA-Seq测序、de novo拼接和信息比对研究.结果表明:转录组测序共得到了46.4 GB的原始数据,归并整理后获得长76 bp的序列有175 101 250条,经质量控制和de novo拼接后,共获得了58 147条大刍草转录本,其平均长度为1 335 bp.比对分析发现其中94.3％的转录本和玉米B73自交系的cDNA序列有较好的匹配,与水稻匹配的有84.1％,高粱84.6％,短柄草83.9％,共56 036条转录本.

关键词：大刍草、转录组、RNA-Seq、de novo拼接

所属期刊栏目：33

分类号：S519.24(禾谷类作物)

资助基金：国家“863”计划项目2012AA10307

在线出版日期：2014-05-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：15-21