基于转录组数据的毛蚶SSR分子标记开发与评价

摘要：

本研究基于毛蚶(Scapharca subcrenata)的转录组数据,利用MISA软件对其中的微卫星位点进行挖掘.从35 555条unigene中共获得3987个SSR,SSR出现频率达11.21％.SSR重复类型主要以二核苷酸重复为主(58.06％),其次为三核苷酸重复(19.04％).共有182种重复基元,不同类型SSR的重复基元分布特征不同,其中,二核苷酸重复基元中AC/GT类型比例最高,为45.70％.毛蚶转录组中SSR重复次数主要集中在5～7次,SSR长度主要集中在12～29 bp,多态性均在中等以上.利用筛选出的14对SSR引物在山东潍坊毛蚶野生群体中进行遗传多样性分析,结果显示,平均有效等位基因数(Na)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和多态性信息含量(PIC)分别为15.4、0.682、0.852和0.817,从PIC值来看,本研究开发的14个微卫星标记均属高多态性标记(PIC≥0.5).此外,有7个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)(P＜0.05).结果表明,基于毛蚶转录组数据开发微卫星标记是切实可行的,研究结果丰富了毛蚶的分子标记数量,对毛蚶的种群遗传学分析、遗传图谱构建及分子辅助育种等研究具有重要意义.

关键词：毛蚶、转录组、SSR、遗传多样性

所属期刊栏目：43

分类号：S917(水产基础科学)

资助基金：现代农业产业技术体系;山东省现代农业产业技术体系建设专项资金资助项目;天津市企业特派员项目

在线出版日期：2022-06-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：129-137