曼氏无针乌贼转录组微卫星特征分析

摘要：

本研究基于高通量测序获得的曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)转录组数据,采用MISA(MIcroSAtellite)软件对其简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)位点进行了高通量发掘.组装并去冗余后,得到127575个Unigene,序列拼接的总长度为103104058 bp.对Unigene序列进行SSR分析,共得到62124个SSR(完整型SSR 36813个),分布在50626条Unigene序列当中,SSR出现频率为48.70％,平均16.6 kb出现1个SSR.微卫星序列主要以二碱基重复类型为主(31227,50.27％),其次为三碱基重复(16230,26.13％).共发现122种碱基重复基元,在所有重复基元中(AT/AT)n占的比例最高为23.33％,其次为(AAAG/CTTT)n(17.42％).曼氏无针乌贼SSR(完整型)的平均长度为25.87 bp,微卫星主要为重复长度大于20 bp的长序列,长度大于20 bp的微卫星序列占总数的51％.本研究发现,曼氏无针乌贼微卫星出现的频率和其长度呈极显著负相关(P<0.01),相关系数为-0.594.该研究结果为开发高度多态性微卫星引物进行曼氏无针乌贼亲缘关系鉴定、种群遗传多样性和增殖放流效果评估等研究奠定了基础.

关键词：曼氏无针乌贼、微卫星、转录组、高通量测序、重复基元

所属期刊栏目：39

分类号：S917.4(水产基础科学)

资助基金：科技部国际科技合作港澳台项目2014DFT30120;农业部渔业渔政管理局物种资源保护项目17162130135252089;浙江省自然科学基金项目LY14C190002;舟山市科技局项目2013C41001;浙江海洋大学"海洋科学"省重中之重学科开放课题20160109共同资助[This work was supported by National Natural Science Foundation of China, Hong Kong, Macao and Taiwan Science and Technology Cooperation Project2014DFT30120;Species Resource Conservation Projects of Fishery and Fishery Administration of Agriculture Ministry17162130135252089;the Zhejiang Provincial Natural Science Foundation of ChinaLY14C190002;Project of Zhoushan City Science and Technology Bureau2013C41001;Open Foundation from Marine Science in the Most Important Subjects of Zhejiang Ocean University 20160109]

在线出版日期：2018-07-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：144-151