非标记探针HRM法在中国对虾EST-SNP筛选中的应用

摘要：

利用高分辨率溶解曲线(High resolution melt,HRM),结合非标记探针技术,对中国对虾转录组EST测序序列中的118个候选SNP位点进行了位点多态性检测,获得了39个具有二等位基因多态性的SNP位点,占总候选位点的比例为33.1％.对这些SNP位点在一个48尾中国对虾群体中的多态性进行了分析,结果表明,观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.000～0.947和0.049～0.506,有效等位基因数分布范围为1.051～1.999,平均为1.574;多态信息含量分析显示39个位点的PIC值范围为0.047 6～0.375,平均为0.272.另外,基因功能注释表明,39个多态SNP所在contig序列所对应的基因大都与免疫相关.以上这些结果表明,非标记探针HRM是一种简单快速而有效的SNP开发技术,可为中国对虾群体遗传学和遗传育种分析提供有效的候选标记.

关键词：中国对虾、单核苷酸多态性、高分辨率熔解曲线

所属期刊栏目：34

分类号：S917.4(水产基础科学)

资助基金：国家自然基金项目31072206,31172402;青岛市关键技术攻关项目11-1-11-hy

在线出版日期：2013-07-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：111-118