γ-环糊精和波尼松龙的相互作用分子动力学模拟和自由能计算

摘要：

运用分子动力学(Molecular dynamics,MD)和MM-PBSA(molecular mechanics/Poisson Boltzmann surface area)相结合的方法预测了γ-环糊精(γ-cyclodextrin,γ-CD)和波尼松龙的包结模式.在MD模拟过程中,波尼松龙分别采用A环和D环两种取向从γ-CD大口端进入其空腔.在MD轨迹采样基础上,采用高效MM-PBSA方法计算了两种取向的包结自由能.结果表明,计算包结自由能值和实验包结自由能值非常吻合.进一步分析各个能量项,发现范德华相互作用能为包结的主要驱动力.通过比较两种取向的包结自由能大小,预测D环取向为优势包结模式.

关键词：分子动力学、γ-环糊精、波尼松龙、包合物

所属期刊栏目：19

分类号：O642(物理化学（理论化学）、化学物理学)

资助基金：南京农业大学青年科技创新基金资助项目KJ07033

在线出版日期：2009-03-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：56-59,63