核酸碱基与甘氨酸二肽间氢键作用的最佳位点

摘要：

优化得到了碱基腺嘌呤、胸腺嘧啶、尿嘧啶、鸟嘌呤及胞嘧啶与甘氨酸二肽分子形成的28个氢键复合物的稳定结构并计算了结合能,探讨了五种碱基与甘氨酸二肽分子间氢键作用的最佳位点.本文研究发现:每种碱基均可以通过不同位点与二肽分子形成氢键复合物,腺嘌呤、胸腺嘧啶、尿嘧啶、鸟嘌呤及胞嘧啶分别最倾向使用A3、T1、U1、G3及C1位点与甘氨酸二肽分子形成氢键复合物;碱基分子某位点的质子化反应焓变越负所形成的氢键复合物越稳定,去质子化反应焓变越小所形成的氢键复合物越稳定;由氢键复合物的结合能计算得到的稳定性次序与由碱基分子质子化和去质子化反应焓变推得的稳定性次序一致.

关键词：甘氨酸二肽、核酸碱基、氢键复合物、结合能、质子化反应、去质子化反应

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资助基金：Project supported by the National Natural Science Foundation of China No.21173109,Program for Liaoning Excellent Talents in University,China No.LR2012037,and Program for Leading Figures in Dalian,China.项目受国家自然科学基金No.21173109,辽宁省优秀人才基金No.LR2012037和大连市领军人才资助.

在线出版日期：2015-05-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：357-365