毒素DON单链抗体的同源建模及与DON结合的分子模拟研究

摘要：

通过同源模建及分子力学构建并优化了呕吐毒素DON单链抗体的三维结构,结合Procheck和verify_3D方法评估得到合理的抗体模型.利用分子对接方法研究了单链抗体与其抗原DON的识别及相互作用.结果表明,毒素结合到抗体轻链上,通过轻重链的交界区残基与重链结合,与残基Pro107之间存在氢键作用.采用分子动力学模拟和MM/GBSA方法计算了毒素DON与抗体之间的结合自由能,计算结果与实验值相吻合,体系疏水相互作用是维持复合物稳定结构的主要驱动力.动力学模拟氢键分析和能量分解结果共同表明,残基Pro107参与稳定氢键的形成并贡献很强的范德华作用,是毒素结合抗体最关键的残基.本研究为该毒素抗体的结构设计提供了重要的线索和理论依据,对毒素类分子新型抗体的研究和开发具有理论指导价值.

关键词：DON、抗体设计、结合自由能、同源建模、分子对接

所属期刊栏目：69

分类号：O631.4(高分子化学（高聚物）)

资助基金：福建省科技创新平台建设2009Y2005;国家自然科学基金30771400

在线出版日期：2012-04-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：2882-2888