O~6-鸟嘌呤和O~4-胸腺嘧啶甲基化与DNA碱基异常氢键作用的理论研究

摘要：

用密度泛函B3LYP方法在6-311＋G＊＊基组水平上对顺（cis-）、反式（anti-）O6-甲基鸟嘌呤（O6-MeG）和O4-甲基胸腺嘧啶（O4-MeT）与DNA碱基（腺嘌呤A、鸟嘌呤G）的非Watson-Crick氢键二聚体进行了优化.在MP2/cc-pVXZ（X=D,T）//B3LYP/6-311＋G＊＊水平上,采用完全基组外推方法校正了氢键二聚体的相互作用能,并用完全均衡校正法（CP）校正了基组重叠误差（BSSE）.此外,在B3LYP/6-311＋G＊＊水平上计算了各氢键碱基对的全电子波函数,并用分子中的原子理论（AIM）和电子密度拓扑方法分析了碱基间的弱相互作用.计算结果显示,甲基化使碱基对间的氢键作用模式发生了明显的扭转和不同程度的位移,碱基间的电子密度分布和氢键作用能明显减小,甲基化对O6-MeG和O4-MeT与DNA碱基间的氢键作用是去稳定化的,这种影响主要来自于大体积的甲基的空间效应和给电子效应,且对顺式的影响明显大于反式.计算结果与文献给出的实验结论基本一致.

关键词：甲基化、DNA碱基、氢键、AIM、拓扑分析

所属期刊栏目：69

分类号：O614.353(无机化学)

资助基金：国家自然科学基金20763007;云南省教育厅重点07z11574;曲靖师范学院科技创新团队TD200901项目

在线出版日期：2012-04-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：2787-2795