洋刀豆脲酶与抑制剂相互作用的分子对接和分子动力学研究

摘要：

通过洋刀豆脲酶抑制剂的筛选实验得到具有较好抑制活性的化合物2-乙酰基-γ-丁内酯（COM）,其半数抑制浓度在微摩尔浓度级别（IC50=375μmol·L-l）.在此基础上,使用分子对接和分子动力学（MD）模拟的方法研究洋刀豆脲酶与抑制剂乙酰氧肟酸（AHA）及活性化合物COM之间的相互作用.用Gold3.0程序将两个小分子与洋刀豆脲酶的晶体结构进行对接,对接得到的复合物模型使用Amber程序进行MD模拟研究.模拟过程中,脲酶结构中的双核镍离子活性中心选用non-bonded模型.研究结果显示：AHA与洋刀豆脲酶结合时,Ni（1）和Ni（2）均为五配位;COM与洋刀豆脲酶结合时Ni（1）为五配位,Ni（2）为六配位的结合模型更加合理.这些研究为了解洋刀豆脲酶与抑制剂之间的相互作用提供了重要的参考信息.

关键词：洋刀豆脲酶、分子对接、分子动力学模拟、MM_GBSA、镍离子

所属期刊栏目：69

分类号：O614.121(无机化学)

资助基金：国家自然科学基金20803063;宁波市自然科学基金2010A610024

在线出版日期：2012-04-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：2427-2433