HIV-1蛋白酶与抑制剂作用的结合自由能计算

摘要：

HIV-1蛋白酶是治疗艾滋病的重要靶标酶之一.采用分子动力学模拟,运用MM-PBSA方法计算了HIV-1蛋白酶与三个抑制剂BE4,BE5和BE6的结合自由能,结果表明抑制剂P1/P11位置的苄基上双氟原子的不同位置对结合自由能产生不同的影响.通过能量分解的方法考察了HIV-1蛋白酶的主要残基与三个抑制剂间的相互作用与识别,结果表明三个抑制剂以相同的作用模式与HIV-1蛋白酶结合,计算结果与实验结果基本吻合.

关键词：HIV-1蛋白酶、分子动力学、MM-PBSA/GBSA、结合自由能、抑制剂

所属期刊栏目：68

分类号：O6(化学)

资助基金：国家自然科学基金10874104;山东省自然科学基金Z2007A05

在线出版日期：2011-02-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：2029-2034